如前所述，腰椎间盘突出症在其发病的不同阶段可表现为腰痛、腰痛伴腿痛、腿痛等症状。因此腰间盘突出症的鉴别诊断范围相当广，需要与以下这些引起腰腿痛的疾患相鉴别。
①腰椎管狭窄症：腰椎管狹窄症常需与中央型腰椎间盘突出症鉴别，前者发病较隐匿，疼痛相对轻，常具有 “间歇性跛行”、“主观症状重，客观体征少”及“腰后伸试验阳性”三大主征。不典型者可借助 CT、磁共振等检查加以鉴别。但需注意的是，两者常可合并存在。
②退行性腰椎滑脱：此类病人可出现腰、臀、腿痛，其特点是多见于老年女性。X线片可见腰椎小关节退变较重，多发生在腰4/5，腰5上关节宽且常向 前增厚、突出，压迫神经根，故有时称“上关节突综合征”。CT扫描可清楚显示神经根受压情况，并可对神经根管做出测量。
③骨质疏松症：多见于绝经后妇女。患者胸腰段脊柱多呈圆形后突，腰背部疼痛为持续性，可以出现放射痛。X线片示脊柱呈广泛性骨质疏松，骨小粱稀疏，椎体呈凹陷性改变。抗骨质疏松药物可使疼痛缓解。
④强直性脊柱炎：是一种与遗传因素有关的疾病。发病年龄较轻，早期多表现为腰部、腰骶部或髋部疼痛，腰部僵直。病变向上发展（少数病例自上向下发展）可波及胸椎至颈椎，最后整个脊柱都可能僵直。X线片早期可见骨质疏松，小关节间隙模糊，晚期小关节融合，周围韧带钙化呈 “竹节样”改变。活动期血沉可增快，HLA-B27 阳性，少数病人有低热。
⑤腰椎结核：发病年龄较轻，腰痛无反复发作的特点，仅少数腰4/5或腰5/骶1靠近椎管处的结核可产生放射性坐骨神经痛。多伴有低热、盗汗、食欲减退等结核中毒症状。血沉多增快，并伴有寒性脓肿。X线可见椎间隙变窄，骨质破坏出现死骨，并伴有腰大肌阴影增宽，有时在肺内可查到原发病灶。
⑥腰骶管内肿瘤：腰骶管内以神经鞘瘤、脊膜瘤、脊索瘤等为常见，此类肿瘤可引起腰、骶、臀、腿痛，亦可因压迫、刺激马尾神经，导致双下肢感觉、运动或括约肌功能障碍（即使在早期，亦多表现为两支以上的神经根受累的症状及体征），因此需与中央型腰椎间盘突出症相鉴别，前者的特点是发病较缓慢，症状及体征多进行性加重。脊索瘤有时做肛诊可察觉，当瘤体较大时左腹部可触到。此外，X线片、CT、脊髓造影、磁共振等对鉴别此类疾患有重要价值。
⑦椎体转移癌：年龄较大，疼痛为持续性，休息往往不能缓解，转移椎体部位有深叩痛。晚期可出现恶病质。部分病人可查到原发灶。X线片可见骨质破坏，椎体压缩变扁，但椎间隙往往正常。
⑧椎体原发肿瘤：椎体可发生血管瘤、骨巨细胞瘤、骨髓瘤等，但少见。腰椎 X 线片、CT、磁共振等可为诊断提供依据。
⑨腰椎小关节滑膜嵌顿症：此症发作时多有腰部前屈加旋转的动作为诱因。疼痛剧烈，以腰部为主，压痛部位多在小关节处，放散不明显。
⑩梨状肌综合征：可表现为臀部及下肢痛，一般无腰痛，常为慢性，也可有急性发作，但此症感觉异常具干性分布特点。梨状肌紧张试验阳性，梨状肌触诊异常。但需要注意的是，此症的诊断在疼痛科和康复科有扩大的趋势，但实际上多为腰椎间盘突出症。
⑪臀上皮神经卡压：此症可表现为臀、腿痛，其特点是腿痛多不过膝、在臀部可触及直径约数毫米，长数厘米的痛性筋束。无神经根受累体征。
⑫第三腰椎横突综合征：最常见症状是腰、臀痛。其特点是腰，横突部压痛，有时可发生股内收肌部的自发痛及压痛。无神经根受压体征。
⑬骨盆出口综合征：坐骨神经经梨状肌下缘与骶棘韧带间出盆腔，走行于后为臀大肌，前为上、下孖肌，闭孔内肌与股方肌之间的纤维管道中。任何外来的压力及刺激如梨状肌痉挛、肥厚、粘连、肿瘤、静脉曲张等，都可导致此管道狭窄，引|起坐骨神经痛。受压的坐骨神经可产生感觉、运动障碍。其特点是，一般无腰痛，亦无叩痛。压痛点多在臀部（环跳处）。感觉及运动受累范围广（即干性分布特点），下肢旋转试验阳性。
⑭内脏疾病牵涉性腰腿痛：腹腔、盆腔脏器或腹膜外疾患常可通过交感链或交感神经节的交通支影响脊神经，引起腰部和腿部的疼痛。此类病人腰部活动可正常，无明显压痛点。
⑮神经根炎：单发的神经根炎多继发于椎间孔周围的病变，应注意检查发病原因。多发性神经根炎感觉障碍多呈“手套”、“袜子”样分布，运动障碍较对称，且多伴有植物神经功能紊乱的症状，如皮肤粗糙脱屑，患肢苍白或轻度发绀，皮肤汗多或汗闭等等。
⑯此外，当腰椎间盘突出症仅出现腰痛，尚未发展到腿痛阶段时，往往需与单纯性腰痛鉴别，如急性腰扭伤、棘间韧带损伤、腰背筋膜炎、腰椎退行性关节病、移行椎、腰骶隐裂等。
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