中医学将化生形成维系人类先后天生命的本原之精称为先天精气。人体先天精气最初由父母生殖之精交蕴化合而成，在人形初定后藏化于命门。命门藏化的先天精气化生形成原气和生殖之精两端。命门三焦系统藏化输布的先天精气是人体生命的原始本原之体，太极元气是整个宇宙万物的原始本原之体。所以对于人体生命来说，命门三焦系统所藏化输布的先天精气犹如太极宇宙之元气。
如孙一奎《医旨绪余·太极图抄引》说：“天地万物本为一体，所谓一体者，太极之理在焉……五行异质，四时异气，皆不能外乎阴阳。阴阳异位，动静异时，皆不能离乎太极。人在大气中，亦万物中一物尔，故亦具此太极之理也。” 张景岳《类经附翼》在孙一奎《医旨绪余》相关认识基础上进一步指出：“太极者，天地人之心也，即所谓性命也……命门为北辰之枢，司阴阳之柄……命门居二肾之中，即人身之太极，由太极生两仪，而水火具焉，消长系焉，故为受生之初，为性命之本。”
李时珍《本草纲目》卷三十说：“三焦者，元气之别使；命门者，三焦之本原，盖一原一委也。命门指所居之府而名，然藏精系胞之物。三焦指分治之部而名，为出纳腐熟之司。盖一以体名，一以用名。”何谓命门？《难经·三十六难》说：“命门者，诸神精之所舍，原气之所系也，男子以藏精，女子以系胞。”生殖之精是人体后天生命繁衍生息及其发生形成的基础，原气是育化脏腑经脉百骸并维系后天生命存续的基础。
元气以及生殖之精都化生于先天精气，而命门是禀藏及育化先天精气的脏器。由于先天精气是维系人体后天生命存续的基础，所以蕴化先天精气的脏器等于在根本上控制着人体性命之门，故称为“命门”。赵献可在继承《难经》命门观基础上，结合孙一奎太极命门后天性命本根思想，对其后天生命学功能作了进一步阐发，如《医贯·内经十二官论》说： “命门为十二经之主，肾无此则无以作强，而技巧不出矣；膀胱无此则三焦之气不行，而水道不行矣；脾胃无此则不能蒸腐水谷，而五味不出矣；肝胆无此，则将军无决断，得先天之气……命门为元气之本，为水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发……命门者，为水火之脏，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦。
若命门亏损，则脏腑皆失所恃，而阴阳病变，无所不至。” 张景岳根据命门先天精气阴阳互根之性，创立了一系列命门辨证论治方法。认为命门虚损当需秉持“阴中求阳”、“阳中求阴”的阴阳互化理论，不可偏颇一隅，固执一端。并研制了许多非常著名的命门论治方药，如左归丸、左归饮、右归丸、右归饮等。
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